Spurs tidak pernah tewas dalam saingan liga sejak kali terakhir ditewaskan di Etihad pada Disember lalu tetapi lawan yang sama memberikan masalah buat mereka di Wembley.
Jaringan Gabriel Jesus, Ilkay Gundogan dan Raheem Sterling memadamkan gol tunggal daripada pemain tengah, Christian Eriksen, untuk meletakkan Spurs kekal di tangga keempat dengan 67 mata.
"Kami mula beraksi baik selepas dibolosi dua gol. Itu membuatkan kami kecewa," kata Pochettino.
"City jelas lebih baik sejak awal dan beraksi lebih agresif."Selepas itu, kami mula mengawal permainan, menjaringkan gol melalui Eriksen dan mengharungi babak kedua dengan lebih baik.
"Itu yang ingin kami lakukan dalam seluruh perlawanan tetapi 25 minit yang pertama jelas bukan aksi kami yang sebenar," tambahnya.
Ulang tayang menunjukkan Hugo Lloris melakukan sentuhan terhadap Raheem Sterling di luar kotak penalti apabila pemain England itu cuba untuk masuk ke dalam tetapi Pochettino enggan menjadikan insiden itu sebagai alasan.
"Saya tidak akan merungut. Banyak perkara berlaku di sepanjang musim. Sukar untuk pengadil melihatnya dan ia tidak memberikan banyak kesan kepada perlawanan.
"Pada tahap ini, apabila anda berdepan pasukan seperti City, anda harus beraksi di tahap terbaik dari awal hingga akhir dan kami gagal melakukannya dalam 25 minit pertama."
Sumber Permulaan suram Tottenham buat Pochettino berang